ท่านเจ้าคุณพระเทพสิทธาจารย์มีนามเดิมว่า จันทร์ สุวรรณมาโจ เกิดเมื่อวันจันทร์ที่ 5 ธันวาคม พ.ศ.2524 ตรงกับวันขึ้น 15 ค่ำเดือน 1 (เดือนอ้าย) ปีมะเส็ง เป็นบุตรคนที่ 3 (ในจำนวน 6 คน) ของนายวงศ์เสนาและนางไข สุวรรณมาโจ มีอาชีพทำนาทำไร่ ชาติภูมิอยู่บ้านท่าอุเทน หมู่ 3 ตำบลท่าอุเทน อำเภอท่าอุเทน จังหวัดนครพนม

ในวัยเยาว์ เด็กชายจันทร์ สุวรรณมาโจ มีสุขภาพไม่ค่อยจะแข็งแรง เพราะป่วยเป็นโรคหืด ครั้นเจริญวัยใหญ่โตขึ้นมาโรคนี้ก็หายขาดไป จนกระทั่งท่านมีอายุได้ 60 ปี โรคนี้ก็กลับกำเริบขึ้นมาอีก พ.ศ. 2431 เด็กชายจันทร์ ได้เรียนหนังสืออักษรไทยน้อย หัดเขียนหัดอ่านจากหนังสือผูกโบราณ วรรณคดีพื้นบ้านซึ่งประชาชนในสมัยนั้นนิยมอ่านกันมาก

พ.ศ. 2434 ขณะที่เด็กชายจันทร์ อายุได้ 10 ขวบ นายวงศ์เสนา สุวรรณมาโจ ผู้เป็นบิดาได้ล้มป่วยและถึงแก่กรรม ในการทำฌาปนกิจศพของบิดา เด็กชายจันทร์ ได้บรรพชาเป็นสามเณร (บวชหน้าไฟ) เพื่ออุทิศส่วนกุศลให้แก่บิดา โดยมีพระขันธ์ ขนฺติโก วัดโพนแก้ว ตำบลท่าอุเทน อำเภอท่าอุเทน จังหวัดนครพนม เป็นพระอุปัชฌาย์ หลังจากเสร็จงานศพของบิดาแล้ว สามเณรจันทร์ ก็มิได้ลาสิกขา มุ่งหน้าบวชต่อไป เพื่อจะได้ศึกษาเล่าเรียนตามประเพณี

การศึกษาเล่าเรียนในสมัยนั้น หนังสือที่ใช้เป็นอุปกรณ์ ล้วนเป็นคัมภีร์โบราณ เขียนจารเป็นอักษรขอม อักษรธรรม ยากแก่การศึกษาเล่าเรียน ต้องอาศัยความเพียร พยายาม อย่างมาก จึงจะประสบความสำเร็จ

สามเณรจันทร์ได้ศึกษาอักษรสมัย กับ พระอาจารย์เคน อุตฺตโม เมื่อแตกฉานเชี่ยวชาญดีแล้ว จึงเรียนบาลีเดิมที่เรียกว่า มูลกัจจายน์ และคัมภีร์ สัททาสังคหปฏิโมกข์ ปรากฏว่าสามเณรจันทร์อ่านเขียน และท่องจำได้คล่องแคล่ว จนมีผู้มาขอร้องให้ท่าน ช่วยจารหนังสืออักษรขอม อักษรธรรมอยู่เสมอ

นอกจากสนใจในด้านปริยัติแล้ว สามเณรจันทร์ สุวรรณมาโจ ก็ยังสนใจในการปฏิบัติกรรมฐานอีกด้วย จึงได้ไปศึกษากรรมฐาน ในสำนักของ พระอาจารย์ศรีทัศน์ ที่วัดโพนแก้ว เป็นเวลาหลายปี

พระอาจารย์ศรีทัศน์นับว่าเป็นพระสงฆ์ที่ประพฤติดี ปฏิบัติชอบองค์หนึ่ง เคยเดินธุดงค์ ไปบำเพ็ญกรรมฐาน แสวงหาวิเวกในสถานที่ต่างๆ จนถึงเขตประเทศพม่า และได้รับพระบรมสารีริกธาตุจากพม่า ครั้นเดินทางกลับถึงอำเภอท่าอุเทนแล้ว ได้ชักชวนประชาชนก่อสร้าง พระธาตุท่าอุเทนขึ้น เพื่อบรรจุ พระบรมสารีริกธาตุ ที่ได้มาจากประเทศพม่าใช้เวลา สร้าง 7 ปี จึงแล้วเสร็จ และตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา พระธาตุท่าอุเทน จึงเป็นปูชนียสถานแห่งหนึ่งของจังหวัดนครพนม ตั้งตระหง่านอยู่ใกล้ฝั่งแม่น้ำโขงจนถึงทุกวันนี้

สามเณรจันทร์ สุวรรณมาโจ ศึกษาเล่าเรียนอักษรสมัย และปฏิบัติกรรมฐาน อยู่มาจนถึงอายุ 19 ปี ในขณะเดียวกัน ท่านก็รู้สึกเป็นห่วงโยมมารดาและครอบครัว อยากจะช่วยเหลือ ครอบครัว ให้รอดพ้นจากความอยากยากจน คราวใดได้ลาภสักการะมา ก็มักจะส่งไปให้โยมมารดา ในกาลต่อมา เพื่อสามเณรรุ่นเดียวกัน มาชักชวนให้ลาสิกขา ไปทำการค้า สามเณรจันทร์ เห็นว่าเป็นหนทางที่จะร่ำรวย ช่วยเหลือทางบ้านได้ จึงตัดสินใจไปขอลาสิกขา กับพระอุปัชฌาย์ ซึ่งท่านก็อนุญาตให้สึกได้ตามประสงค์

หลังจากสึกแล้ว นายจันทร์ก็เข้าหุ้นกับเพื่อนร่วมกันทำมาค้าขาย ตอนแรกรู้สึกว่าร่ำรวยทำมาค้าขึ้น ในระหว่างนั้นก็มีเจ้านายที่เคารพนับถือ มาขอร้องให้ไปช่วย จารหนังสือขอม หนังสือธรรม ให้อยู่เสมอ ทำให้ไม่ค่อยมีเวลาดูแลการค้าขายอย่างเต็มที่ ส่วนเวลากลางคืน ยังมีเจ้านายมากะเกณฑ์ให้ไปอยู่เวรยามมิได้ขาด ชั่วเวลาเพียงไม่กี่เดือน การค้าขายที่คาดกันไว้ว่าจะรวยกลับมีแต่ทรุด เป็นเหตุให้นายจันทร์ เกิดความเบื่อหน่าย ต้องล้มเลิกกิจการไป

ท่านรู้สึกไม่สบายใจในชีวิตฆราวาส ซึ่งมีแต่ความสับสนวุ่นวายแก่งแย่งเอารัดเอาเปรียบกัน หาความเที่ยงธรรม และความสงบสุขได้ยาก นอกจากนี้ตลอดระยะเวลา 5 เดือน ที่อยู่เป็นฆราวาส หนุ่มจันทร์ยังมีสตรีเพศเข้ามาติดต่อพัน ยั่วยวนด้วยวิธีการต่างๆ นานา ยิ่งทำให้หนุ่มจันทร์รู้สึกอึดอัดใจ

ในที่สุดหนุ่มจันทร์ก็ตัดสินใจแน่วแน่ว่า จะกลับมาบวชอีก ประกอบกับตอน นั้นอายุครบ 20 ปีบริบูรณ์ จึงมุ่งหน้าเข้าสู่ร่มเงาผ้ากาสาวพัสตร์ ขอบรรพชาอุปสมบท เป็นพระภิกษุ ในปี พ.ศ.2445 โดยมีพระภิกษุเหล่า ปญฺญาวโร เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอาจารย์เคน อุตฺตโม เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระอาจารย์หนู วิริโย เป็นพระอนุสาวนาจารย์ ได้รับฉายาว่า "เขมิโย" อุปสมบท ณ วัดโพนแก้ว และประจำอยู่ที่วัดนี้

หลังจากที่อุปสมบทแล้ว พระภิกษุจันทร์ เขมิโย ก็ถูกพวกสตรีเพศ ที่เคยมาติดพันท่านสมัยเป็นฆราวาส มารบกวนไปมาหาสู่อยู่เนืองๆ ท่านเห็นว่า ถ้าขืนอยู่ที่วัดโพนแก้วต่อไป สตรีเพศคงจะมารบกวนยั่วยวนเช่นนี้เรื่อยไป จะทำให้เกิดความเศร้าหมองแก่เพศพรหมจรรย์ เข้าสักวันจึงตัดสินใจกราบลาพระอุปัชฌาย์ ย้ายไปอยู่วัดพระอินทร์แปลง และในขณะเดียวกัน พระอาจารย์เคน อฺตฺตโม ผู้ที่เคยอบรมสั่งสอนท่าน ต้องย้ายไปอยู่วัดพระอินทร์แปลง เพื่อเป็นเจ้าอาวาส ดังนั้น พระภิกษุจันทร์ เขมิโย จึงย้ายติดตามพระอาจารย์เคนไปด้วย

ในปี พ.ศ.2445 นั่นเอง พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล วัดเลียบ อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี พระอาจารย์ใหญ่ฝ่ายกรรมฐาน พร้อมด้วย พระปัญญาพิศาลเถระ (หนู ฐิตปญฺโญ) วัดปทุมวนาราม กรุงเทพฯ ซึ่งตอนนั้นยังเป็นพระครู อยู่วัดใต้ อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี ได้เดินทางผ่านมา ถึงจังหวัดนครพนม มาปักกลด ปฏิบัติธรรมอยู่ภายใต้ต้นโพธิ์ ตอนใต้เมืองนครพนม ประชาชนจำนวนมากพากัน ไปกราบไหว้ฟังธรรม และขอรับแนวทางการปฏิบัติธรรม บำเพ็ญสมาธิมิได้ขาด

พระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์ ข้าหลวงเมืองนครพนมทราบข่าว จึงไปกราบนมัสการ และสนทนาธรรมกับพระอาจารย์ทั้งสอง กราบพบปะสนทนากัน ในครั้งนั้น ท่านพระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์ได้ชี้แจงความเป็นมาของตน ว่าเคยเป็นศิษย์ของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส วัดบวรนิเวศวิหาร กรุงเทพฯ พร้อมทั้งได้เล่าถึง พฤติกรรมของพระภิกษุสามเณร ในจังหวัดนครพนมให้ท่านทราบ และขอให้ช่วยหาทางแก้ไขด้วย

พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล จึงแนะนำ ให้เสาะหาคัดเลือกพระภิกษุสามเณร ผู้เฉลียวฉลาดมีความประพฤติดี และสมัครใจที่จะทำทัฬหิกรรมญัตติ เป็นภิกษุสามเณรในคณะธรรมยุตติกนิกาย เพื่อไปอยู่ศึกษา ข้อวัตรปฏิบัติในสำนักของพระอาจารย์ทั้งสอง ให้มีความหนักแน่นมั่นคงในพระธรรมวินัย แล้วจึงส่งกลับ มาอยู่นครพนมตามเดิม จะได้ช่วยกันแก้ไข ความประพฤติปฏิบัติ ของพระภิกษุสามเณร ในจังหวัดนครพนมให้ดีขึ้น

ท่านพระยาสุนทรฯ ข้าหลวงเมืองนครพนมได้เสาะแสวงหาพระภิกษุสามเณร ที่มีปฏิปทาน่าเลื่อมใส ทาบทามพระภิกษุได้ 5 รูป และสามเณรอีก 1 รูป  4 รูปนั้นมีพระภิกษุจันทร์ เขมิโย รวมอยู่ด้วย

พระยาสุนทรฯ ได้นำพระภิกษุสามเณร ทั้ง 5 รูปมาถวายตัวเป็นศิษย์พระอาจารย์เสาร์และพระปัญญาพิศาลเถระ สำหรับพระภิกษุจันทร์ เขมิโย นั้นมีความรู้พื้นฐานทางสมถกรรมฐานอยู่ก่อนแล้ว เมื่อเข้ามาเป็นศิษย์ของพระอาจารย์เสาร์ จึงรู้สึกถูกอัธยาศัยเป็นอย่างยิ่ง ข้อวัตรปฏิบัติใดที่ยังไม่รู้ไม่เข้าใจ ก็ตั้งใจศึกษาและเรียนถามจากครูบาอาจารย์ พร้อมทั้งใส่ใจฝึกปฏิบัติสมาธิอย่างจริงจัง มีความเจริญก้าวหน้าในการปฏิบัติ กรรมฐานอย่างรวดเร็ว

ในปลายปี พ.ศ. 2445 พระอาจารย์เสาร์และพระปัญญาพิศาลเถระ ก็ได้อำลาประชาชนเดินทางกลับสู่จังหวัดอุบลราชธานี พร้อมด้วยพระภิกษุ 4 รูป คือ พระภิกษุจันทร์ เขมิโย (คือท่านเจ้าคุณพระเทพสิทธาจารย์) พระภิกษุสา พระภิกษุหอม พระภิกษุสังข์และสามเณรอีก 3 รูป ในจำนวน 3 รูปนี้ มีสามเณรจูม จันทรวงศ์ (ต่อมาได้เป็นพระธรรมเจดีย์) รวมอยู่ด้วย

คณะของพระอาจารย์เสาร์ ได้จาริกธุดงค์ไปตามที่ต่างๆ หยุดพักรอนแรมกลางป่าดงพงไพร ได้พบสัตว์ป่านานาชนิด มีเสือ มีช้าง กวาง ละมั่ง ควายป่า เป็นต้น

เมื่อเจอสัตว์ป่า พระอาจารย์เสาร์ ก็สั่งให้คณะ นั่งลงกับพื้นดิน แล้วแผ่เมตตาให้สัตว์เหล่านั้น พระภิกษุสามเณรทุกรูป ก็แคล้วคลาดปลอดภัย ท่านเจ้าคุณ

พระเทพสิทธาจารย์ เล่าไว้ว่า ในการบำเพ็ญกรรมฐานในป่านั้น ประการสำคัญ ต้องทำตนให้เป็นผู้มีศีลบริสุทธิ์ ซึ่งผู้ปฏิบัติทั่วไป มักจะมีความวิตกกังวล ซึ่งจะทำให้เกิดความไม่เชื่อมั่นในตัวเอง ต่อจากนั้นก็มีอันเป็นไป หากมีศีลบริสุทธิ์ จิตก็สงบเป็นสมาธิได้ง่าย และ อีกประการหนึ่งจะต้องยึดมั่น ในพระรัตนตรัย ระลึกถึงพระพุทธคุณ พระธรรมคุณ และพระสังฆคุณอยู่เสมอ 

ในการเดินทางครั้งนั้น คณะของพระอาจารย์เสาร์ได้เดินทางมาทางพระธาตุพนม ไปมุกดาหาร อำนาจเจริญแล้วเข้าสู่ตัวเมืองอุบลราชธานี ไปพำนักอยู่วัดเลียบ ในขณะเดียวกันพระภิกษุจันทร์ เขมิโย ก็เป็นพระพี่เลี้ยงอบรมอักขระ ฐานกรณ์ และคำขอญัตติ เพื่อทำทัฬหิกรรม เป็นพระธรรมยุติต่อไป

เมื่อท่องบทสวดต่างๆ ได้คล่องแคล่วแล้ว พระอาจารย์เสาร์ก็นำคณะพระภิกษุจันทร์ ไปประกอบพิธีทัฬหิกรรม ญัตติเป็นพระภิกษุสามเณรในคณะธรรมยุตโดยสมบรูณ์ ณ พระอุโบสถ วัดศรีทอง (วัดศรีอุบลรัตนาราม) อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี โดยมีพระสังฆรักขิโต (พูน) วัดศรีทองเป็นพระอุปัชฌาย์ พระครูหนู ฐิตปญฺโญ (คือ พระปัญญาพิศาลเถระ) วัดใต้ เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระครูประจักษอุบลคุณ (พระอาจารย์สุ้ย) เป็น พระอนุสาวนาจารย์ ได้รับฉายาเดิมคือ "เขมิโย"

หลังจากที่อุปสมบทแล้ว พระภิกษุจันทร์ ก็พักอาศัยอยู่วัดเลียบ ศึกษา ข้อวัตรปฏิบัติกับพระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล ทางด้านการศึกษาปริยัติธรรม พระภิกษุจันทร์ก็มิได้ ทอดทิ้ง ท่านสนใจในการเรียนรู้ อย่างมิรู้เบื่อหน่าย พยายามศึกษาพระปริยัติธรรมแผนใหม่ได้แก่ วิชาธรรมะ วิชาวินัย วิชาพุทธประวัติ และวิชาอธิบายกระทู้ธรรม ซึ่ง พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ (จันทร์ สิริจนฺโท) ได้นำมาเผยแพร่ที่อุบลฯ

ส่วนแนวทางการปฏิบัติกรรมฐานนั้น พระภิกษุจันทร์ได้ฝึกอบรม ในสำนักของ พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล พระอาจารย์มั่น ภูริทตฺโต และ พระปัญญาพิศาลเถระจนมีความรู้ความก้าวหน้าทั้งด้านปริยัติ และด้านปฏิบัติ อย่างแท้จริง มีจิตใจคงมั่น ไม่หวั่นไหวต่อสิ่งเย้ายวน

ทางด้านพระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์ ข้าหลวงประจำเมืองนครพนมได้มีหนังสือไป นมัสการพระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล อีกฉบับหนึ่งส่งไปกราบทูลพระเจ้าวรวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสิทธิประสงค์ ข้าหลวงต่างพระองค์ ประจำมณฑลอุบลราชธานี เพื่อขอ นิมนต์ตัวพระภิกษุจันทร์ เขมิโย กลับไปตั้งสำนักคณะกรรมยุตติกนิกายขึ้นที่เมืองนครพนม

พระอาจารย์เสาร์ จึงนำพระภิกษุจันทร์เข้าพบกรมหลวงสรรพสิทธิฯ พระองค์ ท่านทอดพระเนตรเห็น พระภิกษุจันทร์ยังหนุ่มน้อย เช่นนั้นจึงรีบสั่งด้วยความห่วงใยว่า

"พระอย่างคุณน่ะหรือจะนำคณะธรรมยุติไปตั้งที่จังหวัดนครพนม รูปร่างเล็ก ยังหนุ่มแน่น ประสบการณ์ยังอ่อน หาพอที่จะรักษาตัวและหมู่คณะได้ไม่ น่าจะไปตายเพราะผู้หญิง ฉันเกรงว่าจะนำวงศ์ธรรมยุติไปทำเสื่อมเสียซะมากกว่า... "

พระอาจารย์เสาร์ได้ฟังดังนั้น จึงถวายพระพร เล่าถึงปฏิปทาจรรยามารยาท และความเป็นผู้หนักแน่นในพระธรรมวินัยของพระภิกษุจันทร์ผู้เป็นศิษย์ ให้ทราบทุกประการ

หลังจากได้ฟังคำบอกเล่าจากพระอาจารย์เสาร์แล้ว กรมหลวงสรรพสิทธิฯ ก็ทรงอนุญาตให้พระภิกษุจันทร์กับคณะ เดินทางไปนครพนม พร้อมกับทรงออกหนังสือรับรอง เป็นการอำนวยความสะดวกในการเดินทางให้หนึ่งฉบับ มีใจความว่า

"ให้นายอำเภอ กำนัน ผู้ใหญ่บ้านในเส้นทางที่เดินผ่าน ให้จัดคนตามส่งตลอดทาง พร้อมทั้งให้จัดที่พัก อาศัยและภัตตาหารถวายด้วย"

พระภิกษุจันทร์ เขมิโย พร้อมด้วยคณะได้ออกเดินทางมุ่งหน้าสู่นครพนม ผ่านป่าดงเข้าหมู่บ้านต่างๆ ที่อยู่ในเส้นทาง ประชาชนทราบข่าวก็พากันไปกราบไหว้ แสดงความชื่นชมโสมนัส ท่านได้แสดงธรรมโปรดประชาชน มาเป็นระยะๆ การเดิน ทางไปสมัยนั้นเป็นไปด้วยความยากลำบาก เพราะไม่มีถนน รถยนต์ก็ไม่มี คงมีแต่ทาง เดินเท้ากับทางเกวียน ซึ่งพวกพ่อค้าใช้เป็นเส้นทางติดต่อค้าขาย

คณะของพระภิกษุจันทร์ เดินทางรอนแรมมาเป็นเวลา 21 วันจึงลุถึงเขตเมืองนครพนมไปหยุด ยับยั้งอยู่บ้านหนองขุนจันทร์ ทางทิศใต้เมืองนครพนม พระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์ เจ้าเมืองนครพนม ทราบข่าวก็จัดขบวนออกไปต้อนรับ นิมนต์พระสงฆ์สามเณร ขึ้นนั่งบนเสลี่ยงหามแห่เข้า เมืองนำไปพักอาศัยอยู่ ณ วัดศรีขุนเมือง (วัดศรีเทพประดิษฐาราม) นับจำเดิมตั้งแต่นั้น (พ.ศ.2449) เป็นต้นมา คณะสงฆ์ฝ่ายธรรมยุตตินิกาย ได้ปักหลักตั้งมั่นในจังหวัดนครพนม

พระภิกษุจันทร์ เขมิโย ได้ใช้ความรู้ความสามารถ พัฒนา วัดศรีขุนเมืองให้เจริญรุ่งเรืองเรื่อยมา แต่ก่อนวัดศรีขุนเมือง เป็นวัดรกร้าง ว่างเปล่าไม่มี พระสงฆ์อยู่อาศัย สภาพโดยทั่วไปจึงรกร้าง เสนาสนะและพระอุโบสถ ทรุดโทรม

พระภิกษุจันทร์ได้ขอความอุปถัมภ์บำรุงจากทางราชการ ซึ่งมีพระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์เป็นประธาน และขอความอุปถัมภ์จากชาวบ้าน ซึ่งมีขุนทิพย์สมบัติ เป็นหัวหน้า ปรากฏว่าได้รับการสนับสนุนจากทุกฝ่ายด้วยดี หลังจากที่กลับมาอยู่นครพนม พระภิกษุจันทร์มีงาน ที่ต้องรับผิดชอบหลายอย่าง ทั้งงานปกครองงานการศึกษา และงานเผยแผ่อบรมสั่งสอนประชาชน

ในโอกาสต่อมาทาง ราชการประสงค์จะแต่งตั้งท่านให้เป็นเจ้าคณะเมือง (คือ เจ้าคณะจังหวัด) ฝ่ายธรรมยุต ท่านได้พิจารณาเห็นว่าตัวเองยังมีอายุพรรษาน้อยเพียง 7 พรรษาเท่านั้นขาดประสบการณ์และความรู้ก็น้อย ท่านจึงปฏิเสธ ไม่ขอรับตำแหน่งดังกล่าว แต่ขอเวลาไปศึกษา หาความรู้เพิ่มเติมที่กรุงเทพฯ

เมื่อทราบความประสงค์ดังนั้น พระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์ ก็ได้ทำหนังสือส่วนตัวฉบับหนึ่ง กราบเรียนท่านเจ้าคุณพระสาสนโสภณ เจ้าอาวาส วัดเทพศิรินทราวาส เพื่อขอฝากฝังพระภิกษุจันทร์ เขมิโย กับคณะให้ได้พักอาศัย เพื่อศึกษาเล่าเรียนพระปริยัติธรรม

ในปี พ.ศ.2451 พระภิกษุสามเณรจำนวน 5 รูป ซึ่งมีพระจันทร์ เขมิโยเป็นหัวหน้าก็ได้เดินทางเข้ากรุงเทพฯ โดยเดินเท้าจากนครพนมไปขึ้นรถไฟที่โคราช สิ้นเวลา 24 วัน จากนั้นนั่งรถไฟจากโคราชเข้ากรุงเทพฯ ไปพักอยู่วัดเทพศิรินทราวาส ตั้งใจ ศึกษาเล่าเรียนพระปริยัติธรรม สอบไล่ได้นักธรรมชั้นตรี ได้รับพัดตราธรรมจักรไว้เป็น ประกาศนียบัตร

ส่วนบาลีสอบไล่ได้ประโยค ป.ธ.2 กำลังหัดแปลพระธรรมบท เพื่อสอบประโยค ป.ธ.3 ก็ได้รับหนังสือนิมนต์จากพระยาสุนทรเทพกิจจารักษ์ เจ้าเมืองนครพนม ในหนังสือฉบับนั้นกล่าวว่า พระสงฆ์ดำรงตำแหน่งเจ้าคณะแขวง ที่เป็นเจ้าอาวาสวัดศรีเทพประดิษฐาราม ได้มรณภาพลง ไม่มีผู้ใดจะทำหน้าที่ดูแลวัด และ ปกครองพระสงฆ์สามเณร ดังนั้นจึงขอให้พระภิกษุจันทร์ เขมิโย เดินทางกลับนครพนม

ในขณะเดียวกัน พระยาสุนทรฯ ก็มีหนังสืออีกสองฉบับไปถวาย ท่านเจ้าคุณพระสาสนโสภณ และทูลถวายพระเจ้าวรวงศ์เธอกรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กราบทูลถึงความเป็นมาของคณะธรรมยุต ในเมืองนครพนม และ ขอให้ส่งตัวพระภิกษุจันทร์ เขมิโย กลับไปเพื่อเป็นกำลังสำคัญ ในการบริหารงานของคณะสงฆ์ต่อไป

 เมื่อเห็นความจำเป็นจนไม่สามารถจะหลีกเลี่ยงได้พระภิกษุจันทร์ เขมิโย จึงเข้า เฝ้าสมเด็จพระสังฆราชเจ้าฯ เพื่อกราบทูลลา พระองค์ทรงมีพระเมตตา ประทานโอวาท และ นโยบายในการบริหารงานคณะสงฆ์ธรรมยุต พร้อมทั้งได้ประทานกับปิยภัณฑ์เป็น ค่าใช้จ่ายในการเดินทางกลับ จำนวน 80 บาท (ในสมัยนั้น ถือว่าเป็นจำนวนมาก พอสมควร) นอกจากนี้ สมเด็จพระสังฆราชเจ้าฯ ยังได้ประทานหนังสือเรียนทั้งนักธรรม และบาลี เป็นจำนวนมากมาย บรรทุกรถลากได้ 3 คันรถ

พระภิกษุจันทร์เดินทางจาก กรุงเทพฯ ถึงนครราชสีมาโดยรถไฟ ต่อจากนั้น จึงจ้างเกวียนบรรทุกสิ่งของ และหนังสือ เดินทางผ่านจังหวัดขอนแก่น อุดรธานี หนองคาย ครั้งถึงหนองคายก็หมดระยะทางเกวียน ต้องจ้างเรือกลไฟของฝรั่งเศส บรรทุกสิ่งของไปตามแม่น้ำโขง จนกระทั่งถึงนครพนม

นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา พระภิกษุจันทร์ เขมิโย ก็ทำหน้าที่บริหารงานคณะสงฆ์ อุทิศชีวิตเพื่อพิทักษ์ฟื้นฟูพระพุทธศาสนา ท่านได้ตั้งโรงเรียนสอนภาษาไทยแผนใหม่ ขึ้นที่วัดศรีเทพฯ พร้อมทั้งได้เปิดสอนปริยัติธรรม ทั้งแผนกนักธรรม แผนกธรรมศึกษา และแผนกบาลี

พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณพระเทพสิทธาจารย์ (จันทร์ เขมิโย) เป็นผู้มีปฏิปทาอันน่าเลื่อมใส และ ควรยึดถือเป็นแบบอย่าง ท่านเป็นพระนักพัฒนาที่ เอาจริงเอาจัง และ ทำงานอย่างต่อเนื่อง จะเห็นได้จากการบูรณปฏิสังขรณ์วัดร้าง (วัดศรีขุนเมือง) ให้เจริญรุ่งเรือง มีพระอุโบสถ ศาลาบำเพ็ญกุศล เสนาสนะสงฆ์ และสิ่งก่อสร้างอื่นๆ อีกมาก นอกจากการพัฒนาทางด้านวัตถุแล้ว พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณฯ ยังได้พัฒนาจิตใจของประชาชนควบคู่กันไปด้วย ในวันธรรมสวนะ ทั้งในและนอกพรรษา พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณฯ ก็จะแสดงธรรมให้พระภิกษุสามเณร และอุบาสก อุบาสิกาฟังเป็นประจำ นอกจากนั้น ท่านเจ้าคุณยังได้แนะนำฝึกอบรมพระสงฆ์ สามเณร และอุบาสก อุบาสิกา ให้ได้รู้จักปฏิบัติกรรมฐานเจริญสมาธิภาวนา เพื่ออบรมจิตใจให้มีความมั่นคง ไม่หวั่นไหวไปตามโลกธรรม

ในปี พ.ศ. 2464 หลวงปู่พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล ผู้เคยเป็นอาจารย์ของท่านเจ้าคุณได้ออกเดินธุดงค์กรรมฐาน แสวงหาวิเวกจากจังหวัดอุบลฯ มาถึงนครพนม และได้มาพำนักอยู่วัดศรีเทพประดิษฐาราม ซึ่งตอนนั้นยังเป็นป่าใหญ่เหมาะสมแก่การบำเพ็ญเพียร พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณฯ ได้ออกธุดงค์ติดตามพระอาจารย์เสาร์ ไปด้วย โดยมุ่งข้ามไปฝั่งประเทศลาว เนื่องจากมีภูเขาสลับซับซ้อน มีถ้ำหรือเงื้อมเขามากมาย ควรแก่การเข้าไปพักอาศัยบำเพ็ญภาวนาเป็นอย่างยิ่ง เมื่อท่านเดินธุดงค์ ผ่านไปถึงหมู่บ้านใด ก็จะชี้แจงแสดงธรรม ให้ชาวบ้านเข้าใจหลักพระพุทธศาสนา และให้ตั้งมั่นอยู่ในศีลห้า

ต่อมา พ.ศ.2471 พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณฯ และ ลูกศิษย์ได้ออกธุดงค์ ข้ามไปฝั่งประเทศลาวอีกครั้งหนึ่ง ผ่านเมืองต่างๆ ของลาว ไปจนถึงเขต ประเทศเวียดนาม เดินธุดงค์ต่อไป ผ่านเมืองท่าไฮฟอง เมืองเว้ เมืองไซง่อน ได้ประสบพบเห็นความทุกข์ยากลำบาก ของชาวเวียดนาม เพราะข้าวปลาอาหาร ไม่ค่อยอุดมสมบูรณ์

คุณงามความดีที่พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณฯ ได้ประพฤติปฏิบัติมา ด้วยความเพียรพยายามอย่างสุดความสามารถ ทำให้กิจการพระศาสนาเจริญรุ่งเรืองมาตามลำดับ สามารถปลูกศรัทธาปสาทะ ให้เกิดขึ้นในจิตใจของประชาชน จึงทำให้ทางการบ้านเมือง และคณะสงฆ์เห็นความสำคัญของท่าน จึงได้ยกย่องเทิดทูนท่านไว้ในตำแหน่งสมณศักดิ์ ตามลำดับดังนี้:-

พ.ศ.2474 ได้รับพระราชทานแต่งตั้งเป็นพระครูสัญญาบัตรพัดยศที่ พระครูสารภาณพนมเขต ตำแหน่ง เจ้าคณะจังหวัดนครพนม

พ.ศ.2480 ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์ เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญที่ พระสารภาณมุนี

พ.ศ.2496 ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์ เป็นพระราชาคณะชั้นราชที่ พระราชสารภาณมุนี

พ.ศ.2502 ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์ เป็นพระราชาคณะชั้นเทพที่ พระเทพสิทธาจารย์

พระเทพสิทธาจารย์ มีการปกครองที่เปี่ยมด้วยความเมตตา ท่านให้ความเมตตาเสมอกันหมดในบุคคลทุกชาติ ชั้น วรรณะ ถ้าหากมีพระภิกษุสามเณรที่อยู่ในความปกครองมีการผิดเกิดขึ้น หลวงปู่จะเรียกมาประชุมพร้อมกัน   แล้วทำการสอบสวนจนเป็นที่พอใจของทุกภาค หลวงปู่ได้ปกครองพระมาทั้งสองนิกายดูจะไม่มีการกระทบกระทั่งกันเลย   และยังมีการสวดมนต์แบบมคธของพระธรรมยุติกนิกายได้เหมือนกันหมด จนสมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายก ตรัสถาม เมื่อครั้งเสด็จไปทำบุญอายุหลวงปู่ เมื่อปี พ.ศ. 2513 ซึ่งขณะนั้นหลวงปู่มีอายุครบ 90 ปีบริบูรณ์

พระเทพสิทธาจารย์ วัดศรีเทพประดิษฐาราม จังหวัดนครพนม มีอาการไข้เล็กน้อยเท่านั้น ไม่น่าจะถึงแก่มรณภาพไปอย่างรวดเร็วอย่างนี้ แต่เพราะโรคชราภาพของท่านมีอยู่ในทุกรูปทุกนาม ครั้นถึงวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2516 เวลา 08.00 น. พระเทพสิทธาจารย์ก็ได้มรณภาพลงด้วยอาการสงบ นำความเศร้าสลดมาแก่สัทธิวิหาริก อันเตวาสิก และพุทธศาสนิกชนโดยทั่วไป

สังขารทั้งหมดเป็นสภาพธรรมที่สลายไปตามเหตุปัจจัย พระเทพสิทธาจารย์ก็เป็นสังขารก้อนหนึ่งเหมือนกัน ท่านจึงได้จากลูก หลาน เหลน ไปตามสภาพของสังขาร แต่คุณงามความดีที่ท่านได้กระทำไว้แก่ชาติ ศาสนา และสรรพสัตว์โลกมีประมาณนี้ จะเป็นรอยประทับมั่นในดวงหฤทัยของทุกท่าน

พระเดชพระคุณท่านเจ้าคุณพระเทพสิทธาจารย์ เป็นพระสงฆ์ที่แสดงธรรมได้จับใจไพเราะ มีโวหารปฏิภาณดี ธรรมโอวาทของท่าน ที่พร่ำสอนพระภิกษุสามเณร และญาติโยมอยู่เสมอคือเรื่อง "การเตรียมตัวเตรียมใจ" ซึ่งมีใจความดังนี้

ด้วยเหตุนี้พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณหลวงปู่พระเทพสิทธาจารย์ เป็นพระเถระผู้ใหญ่มีอายุพรรษาสูง เปี่ยมล้นด้วยประสบการณ์ ทรงไว้ซึ่งคุณธรรม มีพรหมวิหารธรรมเป็นที่ตั้ง กิริยามารยาทนุ่มนวล มีวาจาไพเราะ เป็นคนอ่อนน้อมถ่อมตน ท่านจึงเป็นที่เคารพสักการบูชา ของพระภิกษุสามเณร และ คฤหัสถ์ทั่วไป

ผู้ที่เคารพนับถือท่านเจ้าคุณหลวงปู่มากก็มี สมเด็จพระสังฆราชฯ (จวน อุฏฐายี) วัดมกุฏกษัตริยาราม ซึ่งมักไปมาหาสู่กันอยู่เสมอ อีกรูปหนึ่งที่เคารพรักหลวงปู่มาก ถึงกับฝากตัวเป็นลูก คือสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมมหาสังฆปรินายก วัดบวรนิเวศวิหาร องค์ปัจจุบัน

สมเด็จพระสังฆราชฯ วัดบวรฯ มักจะเรียกหลวงปู่เจ้าคุณว่า "หลวงพ่อ" และ หลวงปู่เจ้าคุณ ก็เรียก สมเด็จพระสังฆราช สมัยเป็นเจ้าคุณว่า "เจ้าคุณลูก"

หลวงปู่เจ้าคุณพระเทพสิทธาจารย์ นับว่าเป็นพระสุปฏิปันโน ชั้นเยี่ยมองค์หนึ่ง ท่านได้ประพฤติดีปฏิบัติชอบเรื่อยมา เป็นผู้สมบูรณ์ด้วยปริยัติและปฏิบัติ กาลเวลาผ่านไป วัยสังขารและรูปกายของหลวงปู่ ก็เป็นไปตามกฎแห่ง ไตรลักษณ์ ย่อมแตกดับสลายไปในที่สุด ดุจผลไม้สุกงอมเต็มที่ ย่อมร่วงหล่นหลุดจากขั้วฉะนั้น สุดวิสัยที่แพทย์จะช่วยไว้ได้

ท่านถึงมรณภาพ ด้วยโรคชรา ในวันศุกร์ที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2516 สิริรวมอายุได้ 92 ปี พรรษา 72 ศพของหลวงปู่เจ้าคุณ ได้เก็บรักษาไว้ให้ประชาชนได้กราบไหว้บูชา และบำเพ็ญกุศลอุทิศถวายเรื่อยมา จนถึงวันเสาร์ที่ 22 พฤศจิกายน พ.ศ.2522 จึงได้มีพิธีพระราชทานเพลิงศพของท่าน โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจาก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และ สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ ได้เสด็จพระราชดำเนินไปพระราชทานเพลิงศพ ทางฝ่ายคณะคณะสงฆ์ ก็มี สมเด็จพระสังฆราช พร้อมด้วยพระเถรานุเถระและคณาจารย์ทั่วประเทศ ได้ไปร่วมพิธีพระราชทานเพลิงศพหลวงปู่เหลือคณานับ